จากผลกระทบวิกฤตเศรษฐกิจในปี 2540 ส่งผลให้รัฐบาลในขณะนั้นเผชิญข้อจำกัดในการจัดทำงบประมาณ จึงจำเป็นต้องมีมาตรการคุมเข้มในเรื่องการใช้งบประมาณ ทำให้โครงการต่างๆ ที่ได้ดำเนินการไปบ้างแล้ว และที่จะต้องดำเนินการต่อเนื่องไม่สามารถดำเนินการต่อได้ คณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบที่จะปฏิบัติตามเงื่อนไขผูกพัน (Policy Matrix) โครงการเงินกู้เพื่อปรับโครงสร้างภาคเกษตร ในส่วนที่เกี่ยวข้องกับการสร้างเสริมขีดความสามารถในการแข่งขันเพื่อการส่งออก เมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม 2542
สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน) ถูกจัดตั้งขึ้นเพื่อเป็นองค์การมหาชนภายใต้กำกับของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ โดยพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร พ.ศ. 2546 และเริ่มดำเนินการมาตั้งแต่วันที่ 15 มีนาคม 2546 โดยมีทุนดำเนินการขั้นต้นประมาณ 3,000 ล้านบาท จากกองทุนพัฒนางานวิจัยการเกษตรและบุคลากร กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ โดยมีวัตถุประสงค์ของการจัดตั้งสำนักงานฯ 6 ประการ คือ
- ส่งเสริม สนับสนุน และพัฒนางานวิจัยการเกษตร
- ส่งเสริม สนับสนุน และพัฒนาบุคลากรด้านการวิจัยการเกษตร
- จัดให้มีการศึกษา ค้นคว้า วิจัย พัฒนาและเผยแพร่ข้อมูลและสารสนเทศในด้านการเกษตร
- ร่วมมือทางวิชาการกับสถาบันการศึกษาหรือสถาบันอื่นของรัฐและเอกชนในการผลิตและพัฒนางานวิจัยและนักวิจัยการเกษตรทั้งในประเทศและต่างประเทศ
- เป็นศูนย์กลางในการให้บริการข้อมูลและสารสนเทศในด้านการเกษตรที่ได้จากการศึกษา ค้นคว้า และพัฒนา ตลอดจนการเชื่อมโยงกับสถาบันการศึกษาและหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องทั้งในประเทศและต่างประเทศ
- ส่งเสริมให้เกิดกิจการทางวิชาการเพื่อเผยแพร่ความรู้ในรูปแบบต่างๆ เช่น การจัดพิมพ์เอกสาร การจัดทำสื่อโสตทัศน์ การสัมมนา การประชุมเชิงปฏิบัติการ การจัดนิทรรศการ หรือดำเนินการอื่นใดที่เกี่ยวกับการเผยแพร่ความรู้ในด้านการเกษตร
