จากผลกระทบวิกฤตเศรษฐกิจในปี 2540 ส่งผลให้รัฐบาลมีมาตรการคุมเข้มในเรื่องการใช้งบประมาณ ทำให้โครงการต่างๆ ที่ได้ดำเนินการไปบ้างแล้ว และที่จะต้องดำเนินการต่อเนื่องไม่สามารถดำเนินการต่อได้ รัฐบาลจึงเห็นชอบให้มีการจัดหาเงินกู้จากต่างประเทศมาดำเนินการต่อ
คณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบที่จะปฏิบัติตามเงื่อนไขผูกพัน (Policy Matrix) โครงการเงินกู้เพื่อปรับ โครงสร้างภาคเกษตร ในส่วนที่เกี่ยวข้องกับการสร้างเสริมขีดความสามารถใน การแข่งขันเพื่อการส่งออก เมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม 2542

สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน) ถูกจัดตั้งขึ้นเพื่อเป็นหน่วยงานอิสระในการดำเนิน งานจัดการกองทุน ตามพระราชกฤษฏีกาจัดตั้งสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตรโดยมีผลบังคับใช้ตั้งแต่ วันที่ 15 มีนาคม 2546 เป็นต้นไป (มีทุนดำเนินการขั้นต้น 3,000 ล้านบาท)