สำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตร (องค์การมหาชน) ถูกจัดตั้งขึ้นเพื่อเป็นหน่วยงานอิสระในการดำเนิน งานจัดการกองทุน ตามพระราชกฤษฏีกาจัดตั้งสำนักงานพัฒนาการวิจัยการเกษตรโดยมีผลบังคับใช้ตั้งแต่ วันที่ 15 มีนาคม 2546 เป็นต้นไป